据观音山公园负责人介绍，西气东输二线广深支干线过东莞樟木头镇线路，最先选择的方案是沿着石马河而铺设，这条河目前恰好是一条污水河，周围无人居住，利于施工。但最后确定的线路却是在观音山——全世界最大花岗岩观音雕像的脚下，打穿两公里长的隧道通过。
2011年10月中旬，广东省环保厅接到观音山公园投诉，于2011年10月28日派广东省环境监察局会同东莞市环境监察分局执法人员对观音山段施工现场进行了检查。广东省环保执法人员指出，按照环境保护部环审〔2008〕318号文件明确表示，西气东输二线工程批广深支干线自观音山公园西侧边缘通过，线路不直接穿过观音山公园。现场检查时，输气管线路径已变更为“以大开挖方式”穿越观音山森林公园，存在线路变更未经环保部门审批而违规施工的问题。针对违规施工的问题，广东省环保执法人员现场要求西气东输二线工程粤桂项目分部立即停止施工、补办项目线路变更环评文件审批手续。
2011年11月4日，广东省环保厅发出通知，责令西气东输二线工程粤桂项目分部立即停止违规施工并补办补充环评文件报批手续，补充环评报告获得环保部批复后方可复工(粤环违改字〔2011〕30号)。
2011年11月7日进行公示的《西气东输二线工程(东段)广州—深圳支干线观音山森林公园段变更环境影响补充报告》显示，在设计施工过程中，广深支干线局部工程方案进行了调整。调整后在东莞市樟木头镇以沟埋敷设方式穿越观音山公园，穿越长度约为3公里。
两年后，从观音山公园的慈云阁上向东望去，观音山主峰笔架山的背脊裸露出的一道宽约30米、长约3公里的“疤痕”依然相当刺眼。当年埋设输气管线的泥土大部分仍呈裸露状，被雨水冲刷的沟壑十分明显。
观音山公园管理人员表示，西气东输二线工程施工穿过的地带，宽度最窄9米，最宽达45米。这里的工程管道都是采用浅埋的方式进行施工，由于输气管道采用的是浅埋方式，按照石油天然气管道保护法的相关规定，在管道线路中心线两侧各5米地域范围内，禁止种植可能损坏管道防腐层的深根植物。覆土后只能种植一些小型灌木，成活率很低，根本不可能恢复以前的生态环境。
东莞重点电力项目 被指未批先建
2013年9月18日，媒体报道指出，站在观音山公园的观光公路上抬头望去，在不到100米的地方，6组高压线依次排开，宛如“五线谱”。距这6组高压线不远处，有4个刚建成的新塔基，塔基周围裸露的黄土十分醒目。该报道显示，这4个新塔基属于南方电网旗下东莞供电局的两个电力项目，是在未获得林地使用审批的情况下由东莞供电局强行建设的。
