同时，财政部预算评审中心积极开展部门整体支出绩效评价等相关工作。在2015年开展的中央财政支持“四报一刊”整体支出绩效评价工作基础上，2016年，委托复旦大学公共绩效与信息化研究中心开展了中央部门整体支出绩效评价研究，提出了开展中央部门整体支出绩效评价的政策建议，为推动中央部门整体支出绩效评价工作进行了有益探索。2017年，根据财政部工作部署和财政部预算司要求，财政部预算评审中心又选择了国家测绘地理信息局、中国气象局开展中央部门整体支出绩效评价试点。本次试点将为财政部加强部门整体支出绩效评价工作积累经验。
此外，财政部预算评审中心认真开展了TCC6（中国经济改革促进和能力加强项目）子项目“中国财政支出政策绩效评价体系研究”工作，形成了《财政支出政策绩效评价研究报告》和《财政支出政策绩效评价指南》，研究成果获得世界银行和财政部国际财金合作司的认可。完成了军工项目绩效评价指标体系的制定工作，形成军工项目正面管理要求清单和负面问题清单、5套军工项目绩效评价指标体系等工作成果，为财政决策部门提供了详尽而有效的数据支撑。
除了广泛深入的实践，财政部预算评审中心还积极搭建平台，联合地方财政部门、绩效评价领域专家学者和第三方评价机构，共同推进指标体系与制度建设、工作机制建设、数据库和信息化建设、评价队伍建设，为绩效评价工作实践提供理论支撑和技术支持，推动绩效评价工作科学化、标准化、规范化。
