“作为行政的存在方式，修改审批文件是极为严重的问题。我们将采取措施杜绝再次发生”，日本副首相兼财务相麻生太郎3月12日在记者会上对森友文件修改问题进行道歉并誓言要防止再次发生。
报道称，“森友问题”是指在野党在2017年的通常国会上追究国有土地的出售手续问题。财务省为配合时任理财局长佐川宣寿（前国税厅长官）在国会答辩，在2017年2月下旬至4月修改了审批文件。
日本会计检查院在3月12日的在野党会议上披露，在2017年11月发表森友问题调查报告之前的阶段就已经注意到了修改问题。尽管会计检查院已经向其指出问题，但财务省在约1年的时间里一直隐瞒。
报道称，省厅对信息公开采取消极态度并不是仅仅这一次。“我们去年由于日报问题而受到严厉了批评。文件管理一定要确保严格执行”，防卫相小野寺五典3月12日在防卫省的干部会上指示要严格管理文件。
报道称，外界要求防卫省公开PKO日报问题的相关信息，防卫省一度决定不公开，但受到在野党的追究，经过重新调查发现了文件。时任防卫相稻田朋美被迫引咎辞职。
在加计学园新设兽医学部的问题上，对于有人指出存在写着“总理意向”等文字的文件，官房长官菅义伟说“是不明文件”。文部科学省经过重新调查，找到了有同一内容的文件。内阁府公开的国家战略特区工作小组的议事纪要又揭开了未记录学园干部出席并发言的问题。
为什么明知道一旦被发觉就是大问题，省厅还是对信息公开犹豫不决呢？民进党干事长增子辉彦在3月12日的记者会上指出：“在日本现在的政治体制下，行政官员需要观察首相的脸色来确保自己的位置，因此必须揣度首相及其周围人员的想法”。
