调查发现，８月２１日５时１９分左右，舰长注意到，舵手很难保持军舰在繁忙航道中的航向，于是安排另一名水手掌控船速，舵手继续掌控方向。不过，这一决定引发了混乱，舵手对双人操作下的转向装置结构不熟，误认为失去了对船舵的控制。
舵手随后发现并汇报了这一情况，指挥官立即下令减速，然而刚上手操作的水手只减速了两个后螺旋桨中的一个，军舰直接驶向重达３万吨的“阿尔尼克”号油轮。
调查指出，事态发生后，舰长及舰桥上其他人员失去了对态势的感知，舰桥上没有人清晰了解舰上人员的职责、商船的航线以及两船之间的相对速度。
“全舰都感受到了这次碰撞。”调查报告写道。“舰桥执勤人员一时间受到惊吓，船尾水手被震倒在地，不少人受轻伤。一些水手以为军舰搁浅了，还有人以为受到了攻击。当时远离碰撞位置的水手把碰撞描述成地震，最靠近碰撞位置的水手说仿佛是爆炸一般。”
调查人员认为，“约翰·Ｓ·麦凯恩”号军舰撞船事故的主要原因在于“自满、过度自信以及不遵守流程”。当时舰桥上所有人，包括舰长和副舰长，都没有接受过在发生此类状况时如何正确操控军舰的培训。
到底谁负责
两份调查报告及计划整改措施都已于１０月３１日汇报给了美国国会。参议院军事委员会主席约翰·麦凯恩说，未能以合理的方式注资、训练及装备军队，是导致这些撞船事故的直接原因。他说，参议院军事委员会将继续督导海军整改，以确保这些悲剧不再发生。
不过，调查认为，两起事故中没有单一致祸因素或单一责任人。“也就是说，没有人为事故负全责。全体船员对于这一情况毫无防备，事故过程中准备不足，指挥官指挥无效，也反映出航海训练、准备不到位的问题。”报告指出，“海军中，指挥官无条件地对军舰负责”。
此外，美海军也没有提及商船是否存在过失。
