肯尼迪遇刺后，继任总统的原副总统林登·约翰逊把矛头指向古巴，称古巴为报复“猪湾事件”刺杀肯尼迪。另一种说法则称，由于不满肯尼迪的对古政策，美国反对卡斯特罗的古巴流亡人士和中情局合谋杀死肯尼迪。
【阴谋论之四：黑手党报复】
凶手指向黑手党的阴谋论上世纪７０年代甚嚣尘上。１９７５年，芝加哥黑社会头目山姆·詹卡纳在参议院准备传讯他就暗杀肯尼迪事件作证前夕饮弹身亡；一个月后，与黑社会关系密切的劳工运动领袖吉米·霍法神秘失踪。
这种说法认为，詹卡纳当年让手下詹姆斯·法尔斯暗杀肯尼迪，而另一名杀手杰克·鲁比负责结果“替罪羊”奥斯瓦尔德。１９８７年，因为杀死警察而获刑５０年监禁的法尔斯在狱中宣称，黑手党给了他３万美元杀肯尼迪，以报复肯尼迪之弟、时任司法部长罗伯特·肯尼迪严厉打击有组织犯罪。
【阴谋论之五：“躺枪”，枪手目标是州长】
还有一种说法是，凶手真正的目标是时任得克萨斯州州长约翰·康纳利，肯尼迪纯属“躺枪”。当时与肯尼迪及第一夫人杰奎琳·肯尼迪坐在敞篷车里的还有民主党人康纳利，枪手的任务是射杀州长，肯尼迪是被误杀。
记者小詹姆斯·雷斯顿曾有详细的描述证实凶手的目标是康纳利。奥斯瓦尔德的妻子曾告诉这名记者，奥斯瓦尔德曾用鲜血把州长康纳利的名字写在布条上。
【阴谋论之六：揭发“外星人秘密协议”遭灭口】
最耸人听闻的一种说法是肯尼迪之死与外星人有关：因威胁揭发“ＭＪ－１２”小组与外星人之间的交易，肯尼迪惨遭“灭口”。
１９４７年，新墨西哥州罗斯韦尔市发现疑似“外星飞船残骸”。时任美国总统哈里·杜鲁门随即指示国防部长詹姆斯·福雷斯特成立“ＭＪ－１２行动组”，这个秘密小组由曾主持“曼哈顿计划”等政府尖端技术项目的科学家范内瓦·布什领头。
阴谋论者说，“ＭＪ－１２”小组后来安排外星人和时任总统德怀特·艾森豪威尔坐下来谈判，最终达成协议：允许外星人通过绑架地球人和截取动物肢体研究人类构造，换取外星人掌握的“黑技术”，以开发新型武器。而肯尼迪发现了这个秘密。（沈敏）（新华社专特稿）
