武器装备方面，日本计划在2018年年底前配备52辆AAV7水陆两栖战车；在九州地区的佐贺空港部署“鱼鹰”运输机；在相浦驻屯地建设坠机紧急逃生和水路潜入的训练设施；在崎边地区建设水陆两栖战车库和能够停靠大型运输舰的岸堤。此外，日方还考虑与美国共同研发新一代水陆两栖战车，以弥补AAV7在行驶速度和穿越障碍性能上的不足。日本政府还考虑为水陆机动团引入两栖攻击舰。
日本媒体称，要确保水陆机动团的人员和装备态势，需要大幅增加防卫开支。安倍晋三2012年上台以来，日本防卫费已经连续5年增长，屡创历史新高。
图谋发展进攻型军力
《防卫计划大纲》称，组建水陆机动团意在强化西南离岛防卫力。日本军事分析人士认为，自卫队在西南诸岛驻扎的兵力规模有限，尚未形成完整作战体系，一旦在西南方向的离岛周边发生冲突，需要从日本本岛远距离投送军力，因此需要一支高效且具一定规模的两栖作战部队。
军事评论家田冈俊次认为，日本防卫省和自卫队设想通过两栖作战部队夺回被占岛屿，但制空权在岛屿攻防战中不可或缺。“如果对方掌握制空权，攻击舰、‘鱼鹰’机很容易被击沉、击落，登陆部队可能全军覆灭。即使攻其不备成功登陆，敌方也可在空中断我后路，导致先头部队被歼灭。”
军事问题专家方晓志则指出，日本组建水陆机动团后，其任务不会仅限于登陆上岛，而是会以岛屿登陆作战为起点，发展更多进攻型军事力量。水陆机动团组成后，日方必然以此为契机，配套发展出能在更大范围夺取制空权和制海权、乃至远程打击的进攻型军力。
日本共产党所属的国会议员仁比聪平曾在日本国会公开揭露安倍政府试图将佐世保市打造为“日本版海军陆战队”的前沿基地，批判安倍政府想借组建水陆作战部队“打造陆海一体的新基地”。仁比还指出，在安倍政府解禁集体自卫权后，自卫队两栖作战能力的提高将进一步刺激日本向海外派兵。
日共机关报《赤旗》认为，日方试图将该部队用于西南诸岛，与中国搞军事对峙。该报警告，安倍政府设立水陆机动团是“加剧东北亚地区军事紧张的重大举动”，其严重性可与违宪解禁集体自卫权相比。
