金泳三、金大中一直致力于修改宪法，实现总统选举的直选制。1987年5月，两人共同创立了全新的政党统一民主党。根据此前的规定，韩国第13届大选当中将采用直选制，当时的在野党面临的问题是，最好推选一位单一的候选人。1987年7月10日，根据《6•29宣言》，政府决定赦免并恢复金大中(当时任民主党的顾问)的政治权力。由此，候选人问题不仅成为了在野党内的核心议题，更加成为所有国民最为关注的事件。为了从“两金”(金泳三、金大中)当中推选出一位候选人，在野党内进行了很多次的协商，但是都没有结果。最终金大中退出了统一民主党，另外建立了和平民主党。这就意味着在野党最终出现了分裂，国民们对于在野党终结新军部势力执政地位的愿望就此宣告流产。
卢泰愚(民主正义党)、金泳三(统一民主党)、金大中(和平民主党)、金钟泌(民主共和党)4位候选人参加了韩国第13届总统选举，选举的过程十分激烈。民主正义党候选人卢泰愚最终获得了选举的胜利，而金泳三屈居第二。其实如果“两金”当中推选出一位候选人参加选举，在选举当中完全可能处于更加有利的位置，但是在野党最终无法推选出一位单一的候选人，这是韩国政治历史当中巨大的污点。
1990年1月，金泳三与民主正义党总裁卢泰愚、民主共和党总裁金钟泌三人共同推动了3个政党实现联合，建立了民主自由党。金泳三随后出任民主自由党代表最高议员，他心中牢记着着“不入虎穴、焉得虎子”的警句。然而，民主自由党内部各个势力派别之间围绕着总统候选人问题展开了激烈的竞争。最终，民主自由党作为执政党，首次采取自由竞选的方式决定总统候选人。金泳三最终在民主自由党内的选举中胜出，成为了该党的总统候选人。
在14届总统大选中，金泳三再次与当时民主党的候选人金大中展开了角逐。对于金泳三而言，金大中是民主化过程当中他一直以来的同行者，另一方面也是他在政治方面的对手。与预想的情况不一样，金泳三最终获得的票数超过金大中193万多张，以较大的优势当选了韩国总统。1993年2月，金泳三就任韩国第14任总统，他的上台宣告了在韩国持续32年的权威主义统治的终结以及文人政府的出现。
作为韩国第一位文人总统，金泳三决定通过铲除腐败和改革政策来创造一个全新的韩国。他在任期内强力主导了出台金融实名制、公职人员财产公开、拒绝政治献金、阻止军部介入政治、清算军事文化、改革行政区域等一系列改革政策。另外，在他的主导之下，“5•16”以及“12•12”事件被定性为军事政变，光州民主化运动得以恢复名誉。他还毅然促成了对民主化斗争斗士的赦免，并恢复他们的名誉。而对军部、行政部、司法部以及立法部全面进行清理。
1994年7月，金泳三原本期待着与朝鲜金日成主席实现历史性的韩朝首脑会晤。但是由于金日成突然病逝，会晤没能实现，留下了巨大的遗憾。1995年12月，卢泰愚前总统因涉嫌不正当敛财、全斗焕前总统则因涉嫌主导了“12·12”军事叛乱和“5·18”相关事变及不正当敛财而接受了司法处理。这展现金泳三希望能够纠正错误历史的意愿。同年12月，在他的倡导下，民主自由党更名为新韩国党。
但是，在金泳三的任期内不仅发生了很多事件及事故，还发生了被认为是官商勾结的典型案例的韩宝集团不正当受贿事件、及其儿子金贤哲涉嫌介入国政等事件，导致了金泳三面临了十分严峻的政治危机。而雪上加霜的是，金泳三执政末期韩国发生了外汇危机，他最终决定接受国际货币基金组织的监管。在就任时，金泳三的民众支持率曾经达到过90%，但是支持率一路下滑，最终成为了韩国政治史上最无能最不受欢迎的总统。
在卸任之后，金大中政府一直以对外汇危机的发生负有责任为由对金泳三进行指责。他遭受了很多政治性的侮辱，比如他在出国时遭到鸡蛋袭击，后来他还被要求出席国会听证会以查明外汇危机的真相。当时，他始终与金大中总统保持着对峙的立场，对金大中不断地恶语相向。即使在卢武铉总统上台之后，金泳三仍然不断地对于左派政权进行批判。在17届总统选举当中，他积极支持的李明博最终成功当选。他似乎开始找回了自己往日的活力。
