直到去年，蔡英文上任后拍板裁撤，但当时未表明如何处理后续业务。
但裁撤举动在岛内引发争议，被指是“去中国化”的又一动作。国民党“立委”蒋万安表示，“蒙藏委员会”有特殊政治意涵，是否需要存在可让立法机构讨论，但依照正常程序，应该先废止组织法，才成为不编预算的排除对象。蒋万安质疑此举恐“大开巧门”。
早前，据中国西藏网报道，全国台湾研究会研究部主任严峻表示，事实上，在陈水扁当政时，民进党当局就有意裁撤“蒙藏委员会”，将此作为其“去中国化”的一个重要步骤，但由于撤并后的机构和人员安置等种种原因一直未完成。这次蔡英文当局借内部组织架构调整之名，再次启动裁撤“蒙藏委员会”，依然是想走“去中国化”的老路，这与其拒不承认“九二共识”、“两岸同属一个中国”的立场是相联系的。
对于台湾当局裁撤所谓“蒙藏委员会”的问题。国台办发言人安峰山表示，我们对台湾方面的内部调整不做评论，但是坚决反对借内部调整为名去搞去中国化的“台独”分裂行径。
