关于所谓“第四军种”的问题，是“国防报告”中另一个备受关注的内容。《联合报》称，民进党在选前提出的“国防蓝皮书”中，曾宣示要成立负责资讯电子作战的“第四军种”;不过本周提交的报告将改为“强化资通电作战能力，确保作战指管及关键基础设施安全”，不再提“第四军种”。报告提到，“结合全民防卫总体力量，利用海峡天堑，构筑多层次防御纵深，强化作战持续力，以达战略持久目标”。军方官员透露，世界各地的资电网络部队都是秘而不宣的，以免让外界知晓，若单独成立军种，目标太明显，反不利于资电作战的部署。
此外，为优化“国军”素质，改善军方人员结构，蔡英文曾提出设立“国防事务人员”的主张。在“四年期国防总检讨报告”中，“国防部”将编设“国防事务专员”，由军职人员转任，如此可有效拉长军职人员任职时间，同时减少军退支出。
岛内舆论对报告并不看好。有军方高层坦言，“有效吓阻”是20年前提出的，那时台湾海空军兵力还可以应付，但现在两岸军力早已失衡，“国军”不发展核武，蔡英文也决定不发展中程导弹，“在没有战略吓阻能力的情况下，根本达不到‘有效吓阻’目标”。《中国时报》称，按照军方逻辑推演，“重层吓阻”代表民进党当局将防卫重责最后托付于地面部队，“当来犯共军上岸后，不会言和，而是‘一层层消灭’”。而历届“汉光”实兵演练，从未见过军方演练都市丛林战课目，“如果局势真如此发展，台湾每撑一天，会死多少人？共军又死多少人？这样付出的代价，是否值得？”文章说，政治人物要有悲天悯人的胸怀，军人固然守土有责，但也应设定终战指导，打到什么阶段，就不能打下去，不要再让军民做无谓的牺牲，“在没有终战指导的情况下，‘重层吓阻’战略并不完备”。
