洪秀柱甫一上任，就被党内“立委”来了个下马威。国民党资深“立委”廖国栋就曾提出，参考民进党团组织，提案新设党团总召担任政策会执行长——即大党鞭，且由党籍“立委”直选产生。
这一举动被视架空党主席人事任命权。洪秀柱旋即亮明态度，“未来选出来的总召，必然是政策会的副执行长”。最终，被誉为国民党战神的蔡正元被洪秀柱提名为大党鞭。
这一步似乎为两者埋下了不愉快的种子，以致在原则问题上都出现了偏差。
民进党“立委”此前曾借台籍诈骗犯遣返大陆一事，主导暗藏“两国论”论调的所谓“谴责中国共同声明”，而国民党“立法院”党团书记长林德福与首席副书记长江启臣竟然联署签名。这让洪秀柱大为光火，事后打电话怒斥两人不察。
尽管洪秀柱依然坚持“一中同表”的说法，但也不得不考量岛内政治环境，为下届地方选举铺路。为此，洪秀柱任命了多名来自中南部的副秘书长，也延揽了像林政则、胡志强、郝龙斌这样的亲“本土派”大咖接任副主席一职。
但宣布任命中的一个细节，隐隐透出了不和谐。
洪秀柱中常会上介绍郝龙斌为副主席话音刚落，郝龙斌便举手要发言。洪秀柱仍未搞清楚状况下，郝龙斌就拿起麦克风就说，很高兴看到老朋友在这，希望之后大家能“一起团结、为党奋斗”，与各副秘书长集结起来一起努力争取2018胜选。
郝龙斌整个发言过程中，洪秀柱一直站着，手握麦克风，低头不语，表情不悦，场面一度尴尬。
这样的裂隙在一步步扩大。
5月26日，国民党智库举行董事会大规模改组，董事长由洪秀柱接任，副董事长则由前“行政院副院长”杜紫军、朱志洋接任。据了解，洪秀柱原规划胡志强、郝龙斌担任副董事长，但却在24日晚间毫无预警临时换人。有党内人士批评称，洪秀柱吃尽胡、郝豆腐。
就在第二天，也就是27日，洪秀柱又临时改变主意，决定当天下午与“立委”举办“同心营”，共进晚餐交心。不料想，党团却在“立法院”决定召开党团大会。对于这样的安排，党团人士解释，纯粹是因为“立法院”下午仍有议程要处理，党团也希望多争取一些民生政策，才决定临时变更下午安排。
当然，洪秀柱与党内同志、“立委”依旧在很多议题上并肩行动，比如在冲之鸟礁争议上，国民党“立法院”内外一致谴责民进党没能捍卫“主权”；在美猪入台问题上，国民党首次霸占“立法院”主席台、纠集猪农冲击“立法院”，抗议民进党美猪政策。
虽说有上述协作，但相对于蔡英文以“总统”之姿强势兼任党主席出发，洪秀柱带领下的国民党，诚如《联合报》所言，不仅没有“打断筋骨颠倒勇”，在党内要角各有所图下，党内氛围反而更像“死猪不怕滚水烫”，党中央与党团仍还在慢慢调整脚步。
