2006年12月28日，索马里教派武装伊斯兰法院联盟撤离摩加迪沙。图为两名索马里人在首都摩加迪沙展示他们从教派武装手中抢来的战利品。 新华社/路透
“联盟”的失利导致内部分裂。坚持强硬路线的青年人从该组织中分离出来，另立门户，组建索马里青年党（又称“伊斯兰青年运动”），并继续在南部作战，结果逆势而起，实力不断壮大，且一度占据索马里中部和南部的大部分地区，并在占领地区，以极端手段实行宗教法律。
2007年2月，安理会授权非盟在索马里组建维和部队，以帮助索过渡政府稳定国内局势。
2008年2月，索马里青年党在索马里海港城市博萨索实施爆炸袭击，造成近90人伤亡。当月26日，美国国务院宣布将索马里青年党列入恐怖组织名单。
2009年年和2012年，索马里青年党曾先后于两次宣布效忠“基地”组织并接受其领导。
2012年3月3日，在索马里首都摩加迪沙北部地区，非盟驻索马里维和部队士兵在与索马里反政府武装的战斗结束后巡逻。
2012年9月，索马里组建新政府后，新政府在非洲联盟维和部队协助下，逐渐将青年党武装逐出重要城市。同年10月，青年党被逐出战略重镇、也是其最后一个主要据点--基斯马尤，其主要财源被断绝。至此，青年党的势力大减，不得不退入偏远地区。
此后，索马里青年党化整为零继续抵抗，部分成员还渗透到邻国肯尼亚进行报复袭击，并将袭击扩展至参与非盟维和部队的国家。仅肯尼亚首都内罗毕和重要港口城市蒙巴萨就发生多起爆炸袭击事件，一些外国游客和人道救援人员甚至遭到绑架。
