2001年10月7日美英军队开始对阿富汗塔利班政权发动进攻,反恐战争从此打响。2001年10月26日小布什签署国会通过的反恐法案,这一法案被命名为“爱国者法案”。根据法案,美国将大量增派警察和侦查力量“应对美国从未面临的严峻威胁”。2002年1月11日美国空运第一批阿富汗战争战俘到古巴关塔那摩海军基地内的恐怖嫌犯监狱。2003年3月1日基地组织三号头目、涉嫌策划9-11袭击的卡利德?谢赫?穆罕默德在巴基斯坦被捕。2003年9月10日本拉登和基地组织二号人物扎瓦赫里在基地组织公布的一份录像带中出现,其背景为某个“尚未确定位置的山区”。2005年5月2日基地组织3号头目、巴基斯坦基地分子首领、利比亚人阿布?法拉杰?利比在巴基斯坦西北部被捕。2009年1月20日奥巴马就任美国总统。他下令加强无人机攻击行动,以大力削弱基地组织。2009年8月5日塔利班武装高级指挥官马哈苏德在位于巴基斯坦南瓦济里斯坦部落地区基地遭美军导弹袭击身亡。2010年6月1日基地组织称,其三号首领,阿富汗分支行动首领穆斯塔法?阿布?亚齐德遭袭身亡。2011年5月1日奥巴马宣布美军在巴基斯坦首都伊斯兰堡北部城市阿伯塔巴德的一次突击行动中打死了本-拉登,并在随后将其尸体海葬。