农业专家表示，认证机构设置门槛较低、认证行为缺乏监管等原因，导致一些认证机构不专业、不负责。认证审批后，限于人员和精力等原因，证后监督也不到位。专家建议：公开认证企业的信息，接受政府和公众的监督；提高认证企业资质门槛，建立专业化队伍；在认证过程中引入第三方监督。
农业部总畜牧师马爱国曾公开表示，要将绿色食品、有机农产品质量抽检纳入各地例行监测、执法抽查、风险评估监测范围。坚决打击标志侵权、假冒以及不规范用标等现象和行为。据悉，2016年，我国共取消了110个绿色食品产品的标志使用权。
此外，专家还表示，多元化的经营也造成一些有机农业经营主体拖累较多。君晖农场涉及的产业太多，种养结合、生态循环，多元化经营势必较为分散，产业多了就需要专门人才，雇佣劳力生产效率会下降，监管也成问题。专家建议，有机农业还是要走个性化、专业化和品牌化之路。
