针对娃哈哈集团反映缴纳了500多种收费问题，财政部、国家发改委1月18日作出回应：两部门高度重视企业反映的问题，委托浙江省等25个省（区、市）财政、价格及其他有关部门协助核对娃哈哈集团及所属企业的缴费情况，采取与企业座谈、查账对表等方式逐笔核对。
据悉，娃哈哈集团提供了所属131家企业2013年以来曾发生过的缴费项目共533项。经核，2015年有支出数据的实际缴费项目为317项，与企业提供的缴费项目相差216项。一方面是因为2015年娃哈哈集团及所属企业没有开展如资产评估、开业公告、商标注册等业务，也没有相关缴费；另一方面是因为国家及地方近年已取消或停征部分收费项目，如工商注册登记费、原产地证书费、海关监管手续费、征地管理费、档案保管费等。
需要说明的是，上述317项收费的计算口径和国家收费目录清单公示的口径有所不同。比如，国家批准设立的计量检定费1项行政事业性收费，企业按照计量器具的不同，分别记录为水表检定费、流量计检定费、温度计检定费、砝码检定费等64项收费。
若剔除上述重复计算后，2015年娃哈哈集团及所属企业的缴费项目为212项，缴费金额为7412.07万元，包括：一是政府性基金2项，全部为国家设立项目，共3456.43万元；二是行政事业性收费26项，其中国家设立22项，地方设立4项，共2185.25万元；三是国有资源有偿使用收入（排污权出让收入）1项，为国家设立项目，共372.91万元；四是经营服务性收费148项，共1236.30万元；五是协会商会会费、订刊费等其他收费35项，共161.17万元。
从核查情况看，由于娃哈哈集团在各地所属企业经营规模、经营范围、经营行为不同，企业在各地具体缴纳的收费项目不尽一致。比如，该集团及所属企业在浙江缴纳政府性基金、行政事业性收费和国有资源有偿使用收入共11项，全部为国家项目；在山西缴纳10项，其中8项为国家项目，2项为地方项目；在天津缴纳3项，全部为国家项目。此外，各地经营服务性收费也有一定差异。
2016年娃哈哈集团尚无全年数据，但从2016年1月至9月份数据看，较2015年同期在缴费项目和金额上，均有一定程度减少。
两部门有关负责人表示，在核查过程中，虽然尚未发现乱收费问题，但贵州省财政、价格部门发现，国家于2015年1月1日取消工业产品生产许可证审查费，由于地方有关执收部门收到文件的时间滞后，导致在2015年初向企业收取了一笔工业产品生产许可证审查费，省财政、价格部门已要求执收单位向企业办理退付。“目前，我们要求各省（区、市）再开展一次全面自查，举一反三，坚决杜绝此类问题。财政部、国家发展改革委将实行专项督导检查”。
上述负责人进一步表示，娃哈哈集团反映的问题，说明在当前经济下行压力较大的情况下，企业对缴费负担更加敏感。有关部门将继续强化“放水养鱼”意识，采取有效措施，增加企业在清理规范收费方面的获得感。
据透露，按照国务院决策部署，财政部、国家发展改革委会同有关部门正在组织对涉企收费实行新一轮清理规范，将研究提出取消、停征和减免一批涉企收费项目，切实加强和规范经营服务性收费管理，治理各类“红顶中介”收费的具体措施，进一步减轻企业负担、激发市场活力、促进实体经济发展。
