工程项目管理也十分混乱。生态环境部表示，从督察情况看，自治区有关部门和呼伦贝尔市在治理项目实施中，既没有有效协同推进机制，也没有有效的监督考核机制，工程项目擅自调整，任意变更，容易实施的实施，有难度的就调出实施范围；对环境治理影响较大的项目往往被延期或简化，用于管护、执法能力的项目投资增长到总投资的32.3%。特别是工程项目研究论证不够，有的甚至仅凭某个研究单位的个别专家意见，就彻底变更技术路线，管理混乱，监督松懈。
中央第二环保督察组副组长、生态环境部副部长翟青说，在呼伦湖综合治理工作中，当地政府缺乏“钉钉子精神”，敷衍应对，得过且过，甚至为了当地有关监管单位利益，不惜大幅调整项目建设内容；尤其是自治区水利厅对自身承担的多个水利工程项目组织协调职责、任务一无所知，履职尽责没有到位。他希望自治区有关部门和呼伦贝尔市认真反思存在的问题，确保呼伦湖生态环境治理工作取得实实在在的成效。
