６日晚，冯煦、毓朗组织审讯。在公堂上，徐锡麟大义凛然：“尔等杀我好了，将我心剖了，两手两足断了，全身碎了，均可，不可冤杀学生。”面对审讯，他直认不讳，即日惨遭斩首剜心。
徐锡麟牺牲后，遗体安葬在安庆城北马山。章太炎著文歌颂其大无畏的革命精神和爱护学生的高尚品质：“山阴徐君，生当其辰。所执大义，以身救民。手歼虏首，名声远闻。”
１９１２年１月２１日，徐锡麟灵柩运经上海，在永锡堂召开追悼大会。次日灵柩运至杭州，葬于孤山东南麓。１９６４年，迁至杭州鸡笼山。１９８１年９月，归葬杭州风篁岭下浙江辛亥革命烈士墓群。
徐锡麟牺牲１１０年，家乡东浦镇启动建设黄酒小镇。如今的东浦小镇，已经脱胎换骨成一个融生产观光、展示体验、文化创意、休闲旅游于一体的特色小镇。刘丽华说，黄酒小镇建设给东浦带来了人气，这两年，徐锡麟故居的参观者不断增加。“尤其是周末，参观者特别多，来自全国各地的都有，清明节前一天，光宁波一个团队就来了２５０人。”
