好的制度需要严格的执行，也需要配套制度的完善。据最高人民法院统计，截至2017年6月，生态环境损害赔偿制度7个试点省市人民法院共受理省级政府提起的生态环境损害赔偿案件3件，审结1件。相对较少的案件数量，一定程度上影响了生态环境损害赔偿制度的效果。今后必须努力做到“违法必究”。省级、市级人民政府与检察机关以及社会组织追究生态环境损害赔偿责任时的优先顺序问题，也需要进一步明确。
除此之外，让生态环境损害赔偿制度顺利运转，还需进一步完善环境损害鉴定技术和制度、环境污染强制责任保险制度以及用于国家承担兜底责任的生态环境损害修复基金制度等，以发挥合力。通过一系列的制度力量，让潜在的污染者感受到强大的威慑，也让公众感受到政府保护环境的诚意和力度。
