基金会设“复旦管理学杰出贡献奖”，旨在鼓励管理学人才潜心研究、勇于实践，提高中国管理学在国际上的学术地位和影响力。2006年至今，已有33位在管理科学与工程、工商管理和公共管理领域做出卓越成绩的学者和实践者获奖。从2012年起，基金会增设“复旦管理学终身成就奖”，奖励我国管理学学科领域的开拓者或管理学研究的奠基人，刘源张、傅家骥、成思危、汪应洛、夏书章、王众托先后获奖。自2014年起，基金会设立“复旦企业管理杰出贡献奖”，旨在奖励在中国企业管理实践领域作出杰出贡献的企业家或企业管理者，张瑞敏、马云、柳传志、马化腾先后获奖。
历时十二年，基金会的评奖体系不断优化，评奖制度不断完善。三大奖项的评议工作由基金会评审委员会的各级专家全权负责，严格按照基金会章程和评奖细则，坚持创新性、学术性和实践性的基本评判标准，本着公平、公正、公开的原则，独立开展评审工作。基金会评选出的43位获奖者均是我国管理学领域的杰出代表，他们的研究和实践成果，充分体现了当前中国管理学界的最高水准，也充分体现了基金会始终倡导的“理论与实践密切结合，推动中国管理学长远发展”的宗旨。
