徽州古祠保护，必须要摒弃那种功利思维，应能保尽保，不到万不得已不可轻易放弃。对于超过千座被遗弃的徽州古祠，政府要拿出一个修缮保护计划，每年安排专项修缮资金，国家和省一级财政也不妨对徽州古祠保护提供支持。
在政府出资之外，也要广开渠道，吸引民间资金的进入。之前，广东顺德就有过相关尝试，通过向社会公开寻求合作机构，征集古祠保护方案，政府会给予合作机构一定时期内的历史建筑租赁经营权，实行免租或设立收取低廉资金，同时设立专项资金用以扶持资助。从产权制度着手，创新保护机制，活化善用这一历史建筑，或许也是徽州古祠保护的一条可行路径。
徽州历史上人才辈出，徽州人在海内外有着强大的影响力，古祠保护其实有着强大的民间基础。如果政府将徽州古祠保护与慈善、与发扬徽州文化结合，联合民间力量，将徽州古祠修缮改造为社区中心、文化展览馆、图书馆等文化设施，让更多人热心加入到“认领”徽州古祠的行列，让这份难得的文化遗产得以呵护，那无疑善莫大焉。
