安徽地跨长江、淮河、新安江三大流域，河流湖泊众多，流域面积50平方公里以上的河流901条，常年水面面积1平方公里以上的天然湖泊128个，其中巢湖为全国五大淡水湖之一。为加强河湖保护管理，安徽牢固树立绿色发展理念，在全省江河湖泊全面推行河长制，率先将“湖泊实行河长制”写入地方性法规，创新体制机制，建设生态强省，努力实现绿水青山与金山银山有机统一。
合肥市2013年开始探索实行河长制，编制河湖分级目录，在河湖岸边显要位置树立河长制公示牌，强化“一河一策”，完善考核体系，实施环巢湖地区生态保护与修复工程，明晰了河湖管理责任，推动了部门协调联动，让河流湖泊重新焕发活力。目前合肥市已设置市县两级总河长24名、副总河长40名，河长163名，覆盖河渠134条、湖泊（含水库）55座。通过实行河长制，合肥市重污染河流水质均有所好转，主要污染物浓度不同程度下降，2016年巢湖平均水质由2011年的Ⅴ类好转为Ⅳ类，河湖水环境得到明显改善。
黄山市在新安江流域生态补偿机制试点中，较早推行河长制管理，并进一步推开到全市全部河流和湖库。目前已设立市县乡村四级河长537名，形成了政府主导、水利协调、部门联动、全民参与的治水格局，新安江流域总体水质连续多年保持为优，河道水质及周边生态环境不断优化。
在开展试点的基础上，安徽省出台全面推行河长制工作方案及实施意见，由省委、省政府主要负责同志担任省级总河长，建立河长会议制度。加快构建省市县乡四级河长制体系，各级河长坚持守河有责、守河尽责，协调推进上下游、左右岸联防联控，着力打造河畅、水清、岸绿、景美的河湖生态新格局。
