身陷囹圄后，程善贵开始申诉，自证清白。
陈盛清，时为安徽大学法律系主任，他接到程善贵及程家人邮寄的申诉材料后，于1984年两次回信称，已将程的申诉材料转寄给安徽高院，也转给了安徽省委办公厅。
“据说已转给六安地区中级法院复查，如果你们的话确是实情，应可重新处理的。你们应该相信中级法院会负责妥善解决的。” 这位著名的法学家在回信中说。
1985年6月，程善贵案迎来转机，金寨法院再审纠正以往判决，没有再认定程善贵犯诬告陷害罪和扰乱教学秩序罪，仅认定其致程善芝头皮外伤的行为构成故意伤害罪，但并非重伤，经治疗已痊愈，所以对其免予刑事处分。
在判决书中，金寨法院解释再审的原因是：院长在检查刑事审判工作中，发现程善贵案定性处刑及法律适用有错误。不过，程善贵始终认为，再审是他申诉的结果。
1985年7月，程善贵获释，但他已无处可去。在他被逮捕的两天后，他所在的公社向家属下发通知，要求其一家八口搬离学校，腾出他们所占的一间校舍及半间厨房。他的母亲投靠大女儿生活，孩子分散在几家亲戚处。他出狱后，经远房亲戚接济，借出几间空房，一家人才得以团聚。
2016年8月，程善贵从存放申诉材料的行李箱中，翻出两份邮寄凭证。他说，他获释两个月后，就向六安中院邮寄了申诉材料，但如石沉大海，没了消息。
再回到1986年2月，经公社同意，程善贵恢复了教职，继续工作8年后退养。本可颐养天年的他并未感到安逸，那份有罪判决就像一块石头压在他的心头，成了一道迈不过去的坎。
程善贵说，和妻子搬到合肥生活后，他曾多次到安徽省人大、安徽省高院等部门上访，也曾给在安徽的全国人大代表写信，希望引起关注。2011年5月，在他获释26年后，金寨法院再审此案，认定程善贵致使程善芝外伤之行为构成故意伤害罪证据不足，改判其无罪。
但他对这份无罪判决并不满意。“程善芝头上的伤并不是我打的，法院以证据不足宣告我无罪，这说明我还不是清白的。”
程善贵提出了上诉。
案件中止审理已超两年
2013年1月，在金寨县马头村，六安中院审判监督庭法庭两法官对程善贵案进行调查，与程善芝作了谈话。谈及头上的伤是谁打的，程善芝回答说，估计是程善贵打的，而打伤的时间，他不记得是上午还是下午了。
一个月后，六安中院以“原判认定事实不清，证据不足”为由，撤销金寨法院的判决，将程善贵案发回重审。
让程善贵不能接受的是，金寨法院在没有开庭的情况下，于2014年3月作出中止审理的裁定。“由于不可抗拒的原因，致使案件在较长时间内无法继续审理，经审委会讨论决定中止审理。”
“不可抗拒的原因”是什么？程善贵的代理律师告诉澎湃新闻，他多次询问后，金寨法院给出的理由是金寨检察院不派员出庭，并出示了检察院写给法院的函。
这份函件的落款日期为2011年5月24日，上面写道：“鉴于被告人程善贵故意伤害一案系历史积案，由于该案卷宗现已无法调阅，故我院不宜派员出庭支持公诉。”
“如果案卷无法调阅，那2013年2月六安中院是依据什么作出再审判决，将案件发回重审？”程善贵的代理律师认为，案卷无法调阅的理由不能成立。
程善贵在自己撰写的上诉书中写道，根据刑诉法规定，“不能抗拒的原因”是指台风、洪水等自然灾害或罢工、骚乱等，金寨法院仅依一份检察院不派员出庭的函，就中止审理案件，违反这一规定。
事实上，为了申诉，程善贵从2006年开始自学法律，他的书桌上摆放着《刑事诉讼法》、《刑事诉讼法配套解读》、《审判监督法律手册》等书籍，书中有他用红笔对法律条文的标记，也有对一些术语作的备注解释。
一些法治类报道也是程善贵日常关注的重点。他自己做了一个剪报夹，收藏着诸如《安徽高院院长周溯谈落实司法为民：处理好每一个诉求》、《省高院力治“重信重访”》等报道。而《南方周末》2006年1月5日报道的《佘祥林在2005》，则被他贴在了剪报夹首页。
2016年6月，程善贵的代理律师向金寨法院递交申请，要求恢复审理该案，但未获得回复。7月，律师致电承办该案的法官询问此事进展，该法官在通话中称，“卷宗丢失了，找到就开庭。”
近日，金寨县法院新闻发言人冯克钧向澎湃新闻表示，该案还在审理当中，不便多透露信息。
“我现在还是犯罪嫌疑人的身份，我不想等老了带着遗憾进入坟墓。”程善贵说。
