焦点一：本案是否涉及非法证据问题?
检方：在开庭过程中，检方向法庭提交了2015年3月以后被告人在侦查阶段的四份供述，张明杰在供述中称，最早在与原种场的场长等人研究改制转让的合同中，并没有土地使用权转让的内容，同时她承认土地转让使用权这项内容是自己同意加入到合同中去的。
检方的卷宗中张明杰供述称，魏某是想接手原种场后搞房地产开发，她与魏某商谈过土地开发利益分成的事情，即魏某对她说对开发企业两人一人一半。同时，卷宗中显示，张明杰承认没有遭到逼供和诱供。
辩方：张明杰的辩护人在法庭上提出，在庭前与检方交换证据后观看了30多张侦查阶段的光盘，发现此间侦查人员有一些违规调查的行为，从视频可以看出，侦查人员在询问张明杰前，开始就表示：“不老实就让曲婉婷不消停!”。同时，卷宗中存在一些隐匿和篡改的部分，律师当庭出具根据视频整理的张明杰供述，其中显示，张明杰表示，转让合同中是否涉及土地使用权这项内容，自己印象并不是很深，她当时是想让魏某整体并购，双方签过合同之后再进行更名，同时她从来没有和魏某商议过利益分成的事情，如果有，她根本不会让魏某进入改制，她很清楚如果存在利益分成就是“权钱交易”。
焦点二：土地使用权是否是犯罪的主要手段?
检方：根据检方的指控，2009年7月，哈尔滨产权交易中心发布有关原种场整体产权转让公告，转让不包含国有土地使用权。
张明杰与被告人王绍玉及东江公司法定代表人魏某共谋后，起草了《哈尔滨市原种繁殖场产权转让合同》讨论稿，并由张明杰组织道里区及原种场改制领导小组有关人员对合同内容进行审议。其后，张明杰、王绍玉和魏某在转让合同中加入有关国有土地使用权转让的内容。
同年8月，张明杰蒙蔽原种场及其上级主管单位有关人员在已被加入包含国有土地使用权转让内容的合同上签字，随后命原种场将国有土地使用权证及公章等证件交予东江公司有关人员。
2010年至2011年间，张明杰利用作为道里区人民政府副区长，主管农村征地工作职务之便，与王绍玉及魏某共谋，在哈尔滨市哈齐铁路客运专线工程建设领导小组办公室、哈尔滨市土地储备中心市城市建设投资集团有限公司分中心征收土地过程中，虚构原种场土地使用权已经转移的事实，骗取征地款共计3.4985亿元人民币。王绍玉代表张明杰与魏某约定利益均分。
检方认为，张明杰主要是通过蒙蔽合同方约定转让国有土地使用权来实施犯罪的。
辩方：辩护人认为，国有土地使用权包含国有土地使用的资格以及国有土地的价格，从现有证据和相关规定，哈尔滨产权交易中心公告认定不含土地使用权的含义应该理解为，东江公司有对国有土地使用权的资格，但这中间不包含国有土地价格，这两方面的侧重点不同，在此情况下，只要补办手续就可以完成土地使用权的价格问题，不能以此证明张明杰犯罪。
除了上述两个焦点，控辩双方还就张明杰王绍玉以及魏某是否存在共谋展开辩论。
检方量刑建议判处张明杰死刑
在法庭辩论最后阶段，公诉人认为被告人张明杰犯贪污罪、受贿罪、滥用职权罪，被告人王绍玉犯贪污罪，犯罪事实清楚，证据确实充分，张明杰拒不认罪，应该被判处死刑。
而二被告及其辩护人均提出二被告人在侦查阶段的供述系以非法方法取得，应予排除，辩护人认为二被告人不构成犯罪。
