数据显示，电子、石化、钢铁和汽车等传统产业依旧是南京工业的主要贡献者。2015年，南京规模以上工业总产值达13065.80亿元，其中重工业总产值达10144.20亿元，占比高达78%。
杭州则在2015年果断关闭了杭钢、半山电厂、萧山电厂等高能耗产业，成为全国唯一一个“没有钢铁厂、没有燃煤电厂、没有黄标车”的“三没有”城市。
这在两地的空气质量指标中可见一斑。根据环保部发布的《2015中国环境质量公报》，从全年的空气质量来说，南京稍逊于杭州。
南京交通、高等教育资源胜过杭州
一座城市的基础设施水平(包括市内、市外)尤其是铁路，在很大程度上决定了这座城市的经济发展潜力，这也是为什么近些年全国各地争抢高铁资源的重要原因。
衡量一座城市的铁路建设情况，可以从这几个指标观察：是否处在铁路干线上，是否为干线枢纽城市，铁路车次数量，可通达城市数量。
而在这些指标上，南京完胜杭州。
首先，根据国家在2008年规划的“四纵四横”高铁线路网，南京和杭州均处在铁路干线上。南京处在京沪高铁和沪汉蓉客运专线上，杭州则地处沪昆高铁与东南沿海客运专线上。
而从车次尤其是高铁动车车次数量来看南京以533趟车的优势力压杭州的426趟，超过北京、广州和深圳，仅次于上海。
另外，2016年3月29日，南京获得高铁枢纽的“顶配”——动车段，动车段是高铁动车机车的日常检修和维护基地，因为线路划分，动车段的管辖范围按照区域范围来划分。
此前，整个长三角地区，仅上海有此“殊荣”，南京、杭州、合肥都在其管辖范围内。新近成立的南京动车段，覆盖南京、南京南、合肥南、徐州东等。而杭州目前依旧由上海动车段负责。
就市内交通状况而言，南京也优于杭州。
根据高德地图《2015年度中国主要城市交通分析报告》，在被统计到的12个长三角城市里，杭州在高峰时期的行车速度最慢，时速只有21.19公里，南京处于中游，时速为27.52公里。
与交通等硬件相比，杭州最“吃亏”的还属高校资源远远落后于南京。
南京拥有南京大学、东南大学、南京农业大学、河海大学、中国药科大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京师范大学等8所985、211大学，而杭州同类高校只有浙江大学1所。
由此也拉大了两地科研机构、科研人才方面的差距。
城市等级划分或影响未来房地产发展空间
杭州、南京作为上海的副中心城市，各有千秋。但此次特大城市、大城市的划分，尽管依据的只是城区人口规模，对今后两地发展产生的影响是否会有差别？
有学者提出，南京被定为长三角特大城市后，经济发展空间会得到提升，其中很关键的就是用地指标和政策等。同时，一个城市的等级和人口，直接影响它的房地产市场发展，城市等级不一样，资源投入不一样，楼市发展空间自然也不同。
就目前而言，南京的房地产开发投资额远远低于杭州，但增速是杭州的近4倍。2015年，南京市房地产开发投资额1429.02亿元，增长27.0%；杭州市房地产开发投资额2472.07亿元，增长7.4%。
另外，过去五年内，南京房价涨了22.8%，杭州则下跌了2.7%。21世纪经济报道记者发现，这主要是因为前几年杭州房地产开发投资增速过高导致的供应量过大，而杭州楼市的购买主力为浙江本省人口，南京楼市则吸收了不少安徽南部等外来人口。
