在制度并轨过程中，管理体制也得到理顺。各地通过统筹安排，城乡医保的统一归口经办管理得以实现，减少了医保制度管理及运行成本。具体而言，除上述24个归口人社部门的省份之外，也有省份采取了不同策略。如陕西省城乡居民医疗保险由医保中心统一管理，医保中心主任原则上由同级医改办主任兼任。福建省建立统一的医保管理体系，成立省医疗保障管理委员会，其下设医保办承担日常工作，医保办挂靠省财政厅，相对独立运作。
清华大学公共管理学院教授杨燕绥表示，“建立统一的城乡居民医保制度后，增强了医保基金的互助共济能力，有利于发挥医保对医改的基础性作用，促进医保对医疗服务的外部激励制约，为‘三医联动’改革打下了坚实基础。”
不过，统一城乡居民医保制度，还只是改革的第一个环节。有专家在接受《经济参考报》记者采访时建议，通过建立多档次的筹资机制作为过渡，促使参保居民缴费标准与待遇享受水平挂钩。“城乡居民医疗保险制度的整合与统筹发展，很大程度上是为了逐渐缩小城乡居民的医保待遇差距。设立多档筹资机制后，参保居民根据自身需要、经济实力和意愿自由选择参保档次。随着经济发展、城乡居民收入的增加，再逐步实现城市职工医保与城乡居民医保缴费和待遇给付上的对接。”他说。
上述专家称，医保合并不是简单的机构合并，关键是明确功能、整合职能、理顺机制，实现控费目标的同时，规范医疗行为。建议未来建立医保经办机构与医疗服务机构的集体谈判机制。
