短途票价调整也以涨价居多。比如福州南站到厦门北站，一等座由79.5元调整至127元，涨幅59.7%;二等座由65.5元调整为79元，涨幅20.6%。再比如厦门北站到深圳北站，一等座由181元调整为288元，涨幅59.1%，二等座由150.5元调整为180元，涨幅达20%。
同时有少量车次下调票价。深圳北到潮汕的五十多趟D字头列车中，二等座现行票价为89.5元，4月21日起，D7406次列车降至73元，下调18.4%;D2350次列车降至85元，下调5%;其余列车二等座全部涨到107元，上调19.6%。
中国铁路总公司相关部门负责人表示，此次票价调整前，东南沿海高铁长期执行国家1997年批复的高等级快速软座票价标准，明显低于同区段公路票价，不利于各种交通方式合理分工和充分竞争。
据《人民日报》报道，东南沿海高铁日均开行动车组622列，平均客座率达80%以上，但是账本净利润却没有。亏损的原因其中一条就是定价偏低，且明显低于同区段公路票价。
如宁波至厦门，公路运行13.5小时，票价312元，高铁运行5.5小时，票价仅250元;厦门至深圳，公路运行8小时，票价372元，高铁运行3.5小时，票价仅150元。高铁运行时间不足公路的一半，可是票价却低得多。
