作为短距离项目的突破点，宁泽涛却接到了“可能不能参加里约奥运会”的内部通告，原因是他擅自私自签约存在利益关系的代言，并在多次规劝时顶撞领导，并以停训和退役相要挟。“其实这个事情在年初就开始了，就是代言的问题，运动员可能有运动员自己的想法，国家有国家的想法，游泳中心领导也有自己的想法。”叶瑾教练说。
宁泽涛表示：“这里面的事情不是很简单，有太多太多复杂的事情在里面。如果要从头讲，那就要从喀山世锦赛开始讲。”从问题被曝出到7月18日最终确认可以参加奥运会，五个星期的时间里，宁泽涛表示：“说自己很好那都是些假话，是为了不让自己的家人和朋友来担心我，因为我很年轻的时候也经历过很多，经历过最信任的人的背叛或者嘲讽，自己也经历过很多人情世故，自己也看清了人性的丑陋，但是自己还是非常乐观的，只要别让我失去信心和信任。当时自己还是希望能站在奥运会上，为祖国争取荣誉，所以再难也要坚持下来。”
当时最后两周，只剩下宁泽涛和队友、队医“三人行”，那段时间，给宁泽涛训练掐表的是他的队友和队医，一段旷日持久的挣扎开始，当时宁泽涛参加奥运会的可能性连1%都不到。
最难时期宁泽涛暴瘦八斤教练斥代言风波出洋相
2016年7月2日，宁泽涛出人意料发声，一篇长文《包子有话说》让半个月来的一片嘈杂戛然而止，特别是最后一句“加油，咱们里约见”颇有些耐人寻味。“当时的处境确实有些艰难，体重也暴瘦了四公斤左右，因为我是属于短距离瘦弱型选手，其实这四公斤对我来说还是影响极大的。”宁泽涛说，谈到当时“清者自清”的微博，宁泽涛表示，“当时没有知道肯定可以去奥运会，但是这个事情出来，影响了我太多身边的人，毕竟奥运会不只有游泳一个项目，不只是我宁泽涛一个人，还有七百多名参加奥运会的中国代表团成员，我不希望我这个事情对当时眼前还有一个月参加奥运会的大家造成什么影响，所以我觉得我有必要站出来发声这件事情。”
“一个孩子成长，国家培养得是很多的，不能忘记这些东西。所以我作为教练，我怎么去处理呢，我只有两周多时间。后来决定宁泽涛可以参加奥运会，我去泳池陪他的。”叶瑾教练说。
“我觉得站在里约奥运会的那一刻，其实自己没有觉得熬过黎明最黑暗的这个说法，我觉得自己真的是站在上面圆了自己一个梦，像平时比赛一样尽快调整，自己非常自豪可以代表祖国参加奥运会。”宁泽涛说，但是在奥运会上，他只排名小组第六位，谈到宁泽涛的成绩，叶瑾教练表示：“他当时的处境，这个成绩我是满意的。不错了，能游这个成绩不错了，否则可能会更糟。洋相出的很离谱，他没离谱。”
宁泽涛拒称一定战东京奥运暗示学菲鱼暂离泳池
里约奥运会之后，宁泽涛一直低调地和父母生活在一起，父亲示范宁泽涛炒土豆丝，希望宁泽涛在今后的生活上可以尽快独立起来。“其实宁泽涛成长相对比较简单和单纯一些，因为当年他十三四岁离开我们我是非常担心的，但是我相信当初他去的地方是我曾经战斗过的地方，我也在军营里历练过，我的思维一直停留在我在军营那个年代，所以我觉得好男儿一定要去当兵，所以他妈妈当初提出来要送他走专业之路的时候，一开始我是犹豫的，我不想送他走一条非常艰辛的、金塔尖上的路。”宁泽涛的父亲宁锋说，“我当时没有想到他最后会与水有缘。”
