当年的村委秘书程现立称，薛凤起被带走次日，公安局副局长王进然把党支部、村委会人员都叫到村支书家开会，“让两委重点调查6月1日这天薛凤起的行踪，村支书让我和村长薛子光重点落实”。
程现立称，当天薛凤起确实去了他家，和他商量找人帮他安装车棚的事，之后去理发。
当天上午，村长薛子光的3个女儿去看他，薛凤起路过进去坐了会儿。
程现立和薛子光还调查到薛凤起去程文奎家理发、到韩发祥家要账、韩本正家刨树等，并都写了证明。
次日，程现立和薛子光等多人到县公安局送证明材料，“但公安局副局长王进然接过材料后说，此案已破，薛凤起招认了，你们回去吧，不要管这事了”。
不久，检察院又找程现立调查，程现立如实讲述。但几天后公安又找他调查，他如实讲述后，现场公安称要以其收了好处、包庇薛凤起为由将其关进看守所，无奈之下，程现立按照警方的引导，说记不清薛凤起在哪天去他家了。之后的几年内，他和家人内心一直恐惧不安，因昧心作证而感到对不起薛凤起，又害怕哪天公安局的人还会找他，“精神受到极大摧残”。
薛凤起的哥哥薛运光也被抓了。薛凤起称，他在看守所期间，和他关在一起的劳动犯（因罪轻在看守所服刑）樊建强曾帮他给家人写信，“把我当天上午的行踪说了一遍，目的是想让家人明白我没做那见不得人的坏事”。
记者辗转找到樊建强当时的妻子，获悉樊建强已喝药自杀近20年，其妻已改嫁，想不起樊建强是否曾跟她提过为薛凤起写信一事。
薛运光称，薛凤起被抓数天后，有一名男子骑车来到他家，说薛凤起写了一封信给他，他打开发现不是薛凤起的字，只看了抬头就把信烧了。很快他就被拘留，理由是串供。薛运光被关了约半年后获释，但没拿到任何法律文书。
关于串供，还有两张纸条。
薛凤起说，“我被拘留第二天家人来送被子时，让我看了一个二指宽的纸条，内容是‘这事到底是不是你干的？你说实话’，署名是薛运光、薛子光、薛存让、程现立”。之后还有一次，看守所指导员把他提到值班室，让他看了第二张纸条，大意是“凤起，王所长是自己人，有啥事给他说，是你就承认，不是你打死也不能认”，署名是薛运光。
这在长垣县法院的判决书中成了薛凤起推翻有罪供述的原因。
两次判死刑后改判死缓
长垣县检察院于1993年2月21日，以强奸妇女、故意杀人罪将薛凤起起诉到长垣县法院。庭上，薛凤起拒不承认指控，其辩护人也称认定薛凤起犯罪的事实不清、证据不足。
律师辩称，关于薛彩芳被害时间，起诉指控是1991年6月1日上午9点，公安的结案报告却说是11时许作案，公安及检方却未对此做出说明；起诉书指控薛凤起强奸了被害人，除被害人在有罪供述中讲过其强奸了被害人外，没有被害人处女膜是否破裂、体内有无精斑（被告人供述射过精）的检验报告，也没有被害人受侵犯、有谁见到过被告人强奸被害人的证据；此案无任何直接证据，间接证据均不能证明被告人犯有强奸杀人罪。
律师还称，薛凤起家到案发现场来回近3公里，当时天下过雨，被告人如做完起诉书所指控的全部罪行，即尾追、搏斗、掐死、脱衣、强奸、抱着尸体位移50米，下到沟里将尸体放好，返回第一现场整理死者的物品，又将部分物品（衣物、包）用火烧着、烧完，返回家中换衣服、洗衣服、刷草鞋，又到薛远光家从容不迫打麻将，没有一个小时的时间是完不成的，现场却未发现任何与薛凤起有关的物证，这个过程也没被人发现。
