孙飞也解释说，中央军委纪委的日常工作由总政下面的二级部总政纪检部承担。各总部、大军区、大单位，集团军、省军区、军级单位等部门的纪委，日常工作由政治部(处)下面的纪检部(处、科)承担。
不同之处2：级别规格
中央军委纪委书记由总政治部副主任兼任
“政事儿”(微信ID：gcxxjgzh)注意到，改革开放以来，历任中纪委书记绝大多数都是中央政治局常委，地方各级纪委，例如省级纪委，纪委书记也是省委常委班子成员。
杜金才
而中央军委纪委书记，一般由总政治部一名副主任兼任。从2002年开始，中央军委纪委书记一般都还由中纪委副书记兼任。例如，十八届中央纪委副书记、解放军总政治部副主任杜金才兼中央军委纪委书记。
至于各总部、大军区、大单位，集团军、省军区、军级单位等部门的纪委，纪委书记都由一名副政委担任。
有媒体报道称：军纪委书记由解放军总政治部副主任兼任，并由总政领导，而总政治部是军委委员级别，所以中央军委纪委的级别应该要低一级，是正大军区级。
不同之处3：产生方式
军委纪委由军委任命而非选举
“政事儿”(微信ID：gcxxjgzh)查阅《党章》，其中规定：党的中央纪律检查委员会全体会议，选举常务委员会和书记、副书记，并报党的中央委员会批准。党的地方各级纪律检查委员会全体会议，选举常务委员会和书记、副书记，并由同级党的委员会通过，报上级党的委员会批准。
也就是说，中纪委和地方各级纪委，领导班子都是由选举产生的。王岐山就是在2012年11月15日的中纪委一次全会上，被选为中纪委书记。
“政事儿”(微信ID：gcxxjgzh)查阅2010年颁布的《中国共产党军队纪律检查委员会工作条例》，发现其中明确：总参谋部、总后勤部、总装备部纪委的书记、副书记由中央军委决定，委员由该总部党委决定，行使军区级单位纪委的权限。总政治部直属纪委的组成、权限和产生办法，由总政治部党委决定。各总部机关二级部纪委的设立、组成、权限和产生办法，由该总部党委决定。各总部机关二级部纪委的设立、组成、权限和产生办法，由该总部党委决定。
也就是说，军纪委成员不像中纪委那样由选举产生，而是由中央军委任命。
此前有建议提出“军委纪委从总政治部分离”
综上，军队纪检监察的最高机关是中央军委纪委，在中央军委领导下进行工作，由总政治部一名副主任兼任军委纪委书记，军委纪委的日常工作由总政下面的二级部总政纪检部承担。在各总部、大军区、大单位，集团军、省军区、军级单位，师、军分区、师级单位，旅、团及同级单位，均设有纪委，在同级党委领导下进行工作，有一名副政委担任纪委书记，纪委的日常工作由政治部(处)下面的纪检部(处、科)承担。
“政事儿”(微信ID：gcxxjgzh)注意到，孙飞曾撰文提出：从总体上讲，军队的这种纪检监察体制在治军中发挥了积极作用，是基本符合党情军情的。但同时也存在不少与从严治党治军不适应、不协调的问题，特别是查腐败案件时受到的牵制比较多。
孙飞称：各单位纪委书记只是个副政委，排位靠后，承担纪委日常工作的只是政治部(处)下面的纪检部(处、科)，位卑言轻，在军队等级森严、指挥关系严格、保密制度严格的情况下，党政主官做什么你都不了解、不能问，纪委怎么能监督得了同级党委尤其是党政主官?如果说地方纪委监督同级党委和党政主要领导很难的话，军队纪委监督军队同级党委和党政主官则更加够不上。
