1）是什么让肠道微生物群系保持“健康”？
“健康微生物群系”这个词组应该引起警惕。这是因为，就目前而言，如果科学家对单一个体的微生物群进行检查，他们并没有办法确定其是否健康——甚至不知道用哪些参数来定义。健康只与微生物的种类名称有关吗？还是微生物多样性？或者是它们的功能——遗传学上所具备的能力？人类微生物群系计划（Human Microbiome Project）的工作重点之一应该是定义什么是健康的微生物群，但这一看起来很简单的问题至今没有明确的答案。如果研究人员能够确定健康微生物群本身的参数，他们或许就能知道不同的操作方法——从益生菌到粪便移植——是否会带来人类外在的健康表现。
2）饮食能影响肠道微生物，这会如何影响健康？
“我们肠道中的许多细菌种类是可以通过改变饮食来使其变化的，”上海交通大学的赵立平教授援引2016年的两次大规模人群研究说道。让人感到困惑的是，这种改变是如何影响人体健康状态的。
赵立平教授的研究关注的是在饮食、肠道微生物群落和人体健康之间建立三方联系。与此同时，加拿大不列颠哥伦比亚大学的盖内尔·希利（Genelle Healey）等研究者也在努力追踪肠道微生物群和人体健康如何对饮食干预做出反应。
了解饮食诱导的肠道微生物改变对健康的长期影响，将使人们扔掉饮食书籍，找到个性化的饮食模式——可能与他们的肠道微生物群一样个性化——从而获得最佳的健康结果。
3）肠道微生物如何被用于免疫系统的微调？
根据最新的研究，许多慢性疾病——自身免疫疾病、肥胖和心血管疾病等——都是免疫介导的。庆应义塾大学医学院的Kenya Honda、美国国立卫生研究院（NIH）的Yasmine Belkaid和犹他大学June Round，以及其他许多研究者都在努力研究肠道微生物与免疫系统“对话”的机制。但是，除了研究特定的微生物之外，还有更多问题需要解决。
